Genetski materijal koronavirusa u globalnoj bazi podataka

Centar za molekularnu medicinu objavio je prve genome koronavirusa iz Austrije u globalnoj bazi podataka. Dobijene informacije predstavljaju važan prilog za međunarodno istraživanje u borbi protiv oboljenja COVID-19. 

​Istraživački centar za molekularnu medicinu u okviru Medicinskog fakulteta u Beču nedavno je započeo projekat „Dinamika mutacija SARS-CoV-2“ i objavio prvi deo genetskog materijala koronavirusa iz Austrije – trenutno ukupno 21 genom. Biće analizirano i objavljeno ukupno 1000 virusnih genoma pacijenata iz Austrije. 

Studija ispitivanja prvih genoma SARS-CoV-2 sprovodi se u nameri da se bolje razumeju molekularne osnove koronavirusa i pandemije COVID-19. Materijal se objavljuje kako bi se stvorila jasnija slika o njegovom razvoju, mutacijama i otpornosti, omogućile uporedne analize i stekla nova saznanja neopohodna za terapiju, lekove i pronalazak vakcine. 

SARS-CoV-2 izaziva oboljenje COVID-19. Svetska zdravstvena organizacija je 12. marta 2020. godine proglasila pandemiju zbog ove bolesti. Pretpostavlja se da je u kineskoj provinciji Hubej virus prešao sa divlje životinje na čoveka u novembru 2019. godine i odatle se proširio na ceo svet. Budući da je oboljenje COVID-19 izazvalo više desetina hiljada smrtnih slučajeva, trenutno je ugroženo više od 180 zemalja.  

Kako bi se razumela evolucija virusa među ljudima, u bazama podataka se vrši sekvenciranje i objavljuje genetski materijal koronavirusa koji cirukliše među stanovništvom. Do sada su nedostajali genomi iz Austrije, što je predstavljalo značajnu prazninu u analizi globalnih načina prenosa i njegove evolucije. „Naše analize se odnose na važne teme, kao što je praćenje lanaca infekcije, bolje molekularno razumevanje o nastanku mutacija i njihov mogući uticaj na tok pandemije i akutna respiratorna oboljenja koje virus uzrokuje“ izjavio je šef istraživačkog tima Andreas Bergtaler.

Prekretnica se dogodila objavljivanjem dvadesetjednog genoma koronavirusa iz Austrije u bazama podataka GISAID i nextstrain.org. Analize su otkrile u proseku šest promena genoma u poređenju sa referentnim genomom koji je izolovan u Vuhanu 26. decembra 2019. godine. Ovo saznanje je u skladu sa opažanjima do kojih su došle i druge zemlje. 

Identifikovane mutacije dovode do promena virusnih proteina i pružaju uvid u mehanizme selekcije i evoluciju virusa. Nastavak proučavanja pružiće podatke o efektima mutacija na životni ciklus virusa i na njegovu interakciju sa imunim sistemom čoveka. Trenutne genetske analize usredsređene su na regije koje u samom genomu virusa često mutiraju, a stručni tim se bavi i pojavama kao što je diverzitet i širenje virusa u Austriji i drugim zemljama.  

„Informacije iz hiljadu uzoraka koronavirusa pružiće nam jasnu sliku o njegovom razvoju u Austriji i omogućiti uporedne analize u globalnom kontekstu“ izjavio je Kristof Bok, šef istraživačkog tima Centra za molekularnu medicinu. „Saznanja koja dobijemo biće odlučujuća za razumevanje kako se virus razvija tokom prenosa sa čoveka na čoveka. Pored toga, podaci će biti korisni da ocenimo terapiju, reakcije na vakcinu i otpornost virusa na buduće lekove“ dodao je Bok. 

Naučni tim će nastaviti da radi na sekvenciranju i analizi hiljadu virusnih genoma. Projekat se zasniva na postojećim istraživanjima Centra za molekularnu medicinu u oblasti virologije i virusne evolucije, zbog čega stručnjaci ispunjavaju preduslove da dalje proučavanje mutacija. Rad na projektu podrazumeva interdisciplinarnu mrežu i saradnju mnogobrojnih međunarodnih partnera, Centra za virologiju Medicinskog Univerziteta u Beču na čelu sa Elizabet Puhhamer-Štekl, austrijske Agencije za zdravlje i bezbednost ishrane (AGES) kao i više univerziteta iz cele Austrije. 

Bečki Fond za nauku, istraživanje i tehnologiju (WWTF) odobrio je finansiranje ovog projekta u iznosu od 50 hiljada evra. ​ 

 

Baze podataka genoma SARS-CoV-2: 

https://nextstrain.org/ (Real-time tracking of pathogen evolution) 

https://www.gisaid.org/ (Global Initiative on Sharing All Influenza Data) 

 

Foto – © ThisisEngineeringRAEng

Pošalji komentar

Vaša adresa e-pošte neće biti objavljena. Neophodna polja su označena *